自2012年起，仁慧书院将与农村地区、贫困地区的中小学展开院校合作的新模式，多渠道、立体化、全方位地支援农村及贫困地区的教育文化事业。

　　自2009年正式成立以来，仁慧书院就一直关心农村地区和边远贫困地区的教育，对农村和贫困地区的学生给予了很多实实在在的帮扶和资助，像赠送图书教材、减免学费甚至食宿费、义务辅导、免费心理援助等方面的工作。但在2012年之前，这些工作有的是以书院领导和教职工的个人名义，有的是在书院的教学工作中附带进行，不能达到更广泛的实效。

　　而现在的院校合作新模式，是在当地教育机关的支持下，与农村地区、贫困地区的中小学直接合作。仁慧书院的核心人物张慧伦在创立之初就明确了我们的理念和发展观――我们致力于打造高端精英教育服务品牌，普及和传播中国传统文化和观念，普及和传播现代科学思维和理念，以赤子之心为中华民族的伟大复兴贡献一份绵薄之力。所以在院校合作的时候，我们主要做两方面的工作：一是对现在的青少年学生进行传统文化教育和爱国主义教育，帮助其树立正确的价值观；二是为现在的青少年学生的在校教学上提供更好的师资和教材，以提高他们的成绩和素质，使其更有机会进入清华大学、北京大学等高校继续深造。

　　目前主要的形式有：

　　（一）仁慧书院向农村、贫困地区中小学校赠予图书、教材等，内容以传统文化、爱国教育、科普教育为主。如《文史中国丛书》、《清华历史讲堂》、《顶你上清华》、《语文新课标参考书目》、《国学小书院丛书》、《数学科学文化理念传播丛书》等等；

　　（二）安排清华、北大、复旦、中科大等名校的教授博士等到校讲座、讲课；安排名校优秀学子、往届状元等到校举办“与榜样交流”活动等；

　　（三）寒暑假期间组织农村、贫困地区学生到北京参加夏令营，进行爱国主义教育，接受名校文化氛围熏陶；

　　（四）为农村、贫困地区学生提供免费的心理咨询和心智指导；

　　（五）为帮助和培养更多的农村、贫困地区学生进入清华大学、北京大学等国内一流高校就读，促进教育公平尤其是优质教育资源的公平共享。仁慧书院作为国内首个高端精英教育品牌，以其高端先进的教育理念和强大的教学实力，与农村、贫困地区的中学共同合作，选拔其中有潜力的优秀苗子，组成实验班。由仁慧书院三教部和中学教务处共同设计教学计划（量身打造）、共同备课、授课，以培养更多的农村、贫困地区学生进入清华北大。